我们公司享受小额边境贸易优惠政策，是否可以在申请进口废物《申请表》的贸易方式栏填写“小额边境贸易”？

不可以。按照海关的要求，进口废物许可证上的贸易方式只有一般贸易和加工贸易两种选择。小额边境贸易归属于一般贸易，许可证上的“一般贸易”不影响享受小额边境贸易政策的企业报关。