在水污染防治法实施取得积极成效的同时，法律实施不到位的问题还较突出，从总体上看，我国水生态环境状况不容乐观。
（一）法律责任的落实还有差距。
法律第4条规定，地方各级人民政府对本行政区域的水环境质量负责，应当及时采取措施防治水污染。检查发现，一些地方政府责任落实不到位，部分支流和小流域水质较差，跨界河流治理相对滞后，一些地区考核断面水质出现反弹。辽宁省辽河流域50个国考断面中，15个为劣Ⅴ类。广西壮族自治区南流江流域考核断面不能稳定达标，时有反弹。
法律第27条规定，国务院有关部门和县级以上地方人民政府开发、利用和调节、调度水资源时，应当统筹兼顾，维持江河的合理流量和湖泊、水库以及地下水体的合理水位，保障基本生态用水，维护水体的生态功能。检查发现，山东省不少地市对河道层层拦蓄，河道生态流量严重下降，使河水变成“死水”。重庆市五步河和一品河在不到40公里的河道上分别建有17座和12座水电站，电站下游减水或断流现象严重。
法律第6章规定了水污染事故的处置，第7章规定了法律责任。检查中发现，一些地方对水污染防治缺乏风险意识，突发事件应急预案不健全，遇到水污染突发事件缺乏有效应对措施。违法行为惩处不到位，法律的22条责任条款落实不力，一些地方执法、司法中还存在失之于宽、失之于软等现象。排污企业“违法成本低、守法成本高”的问题突出，法律的权威性、震慑力还没有得到充分发挥。
（二）水污染防治标准和规划执行不到位。
水环境标准体系不完善，流域排放标准和地方排放标准制定工作滞后。法律第13条、第15条规定，国务院环境保护主管部门和省、自治区、直辖市人民政府确定重要江河、湖泊流域的省界水体适用的水环境质量标准；适时修订水环境质量标准和水污染物排放标准。检查发现，现行地表水环境质量标准未体现区域差异，标准执行过于“整齐划一”，难以满足流域区域精细化管理的实际需要。标准基础研究重视不够，难以支撑自主标准制修订工作，标准制修订经费投入不足，农村污水排放标准适用性差，标准修订不及时。河—湖、河—海等相关标准不衔接。《生活饮用水卫生标准》中个别污染物指标限值高于《地表水环境质量标准》集中式生活饮用水地表水源地特定项目标准，指标要求“倒挂”。
水污染防治规划执行不到位。法律第16条、第17条规定，国务院环境保护主管部门会同国务院经济综合宏观调控、水行政等部门和有关省级人民政府编制重点流域湖泊水污染防治规划；有关市、县级人民政府应当制定限期达标规划，采取措施按期达标。检查发现，国家和省级层面的流域规划水质改善目标与治理任务对应性不强，规划资金投入保障不足，规划实施效果难以保证。市县级限期达标规划制度执行不到位。黑龙江省哈尔滨、佳木斯、黑河、绥化4个地市未制定限期达标规划。海南省除海口市、三亚市外，大部分市县对污染水体尚未制定整治方案。
（三）水污染防治监督管理制度落实不到位。
排污许可制度推进缓慢。法律第21、23、24条明确规定建立排污许可制度，加强排污许可管理。检查发现，固定污染源没有全部纳入排污许可管理。《排污许可证申请与核发技术规范》编制工作进度滞后，目前仅发布40项行业技术规范，还有36项技术规范尚未出台。从已核发排污许可证的24个行业来看，点多面广的非重点排污单位没有纳入排污许可管理范围，排污许可证的实际管控作用受到局限。排污许可管理的支撑能力不足，基层环保部门缺乏足够的监测统计能力来准确核定排污单位实际排放量，通过排污许可“一证式”管理支撑以质量为核心的环境目标管理还需付出更大的努力。
河长制从“有名”到“有实”还有较大差距。法律第5条规定，省、市、县、乡建立河长制，分级分段组织领导本行政区域内江河、湖泊的水资源保护、水域岸线管理、水污染防治、水环境质量改善等工作。检查发现，河长法律责任和考核机制不完善，河长督促有关部门履行职责缺乏刚性手段，河长履职能力和水平不够。
黑臭水体整治不到位。法律第29条规定，县级以上地方人民政府应当根据流域生态环境功能需要，组织开展江河、湖泊、湿地保护与修复，整治黑臭水体，提高流域环境资源承载能力。检查发现，一些地方黑臭水体整治工作不力。湖北省地级城市建成区还有37个黑臭水体没有销号。安徽省芜湖市保兴垾、板城垾水体严重黑臭。云南省老运粮河在2018年11月被国家城市黑臭水体整治专项巡查认定为瞒报的黑臭水体，此次抽查发现仍有排污口向河中排放污水。
水环境保护目标考核责任压实和压力传导不到位。法律第6条规定，将水环境保护目标完成情况作为对地方人民政府及其负责人考核评价的内容。检查发现，一些市县级政府水污染防治考核流于形式，没有真正发挥层层压实责任的作用。2017年山西省大同市将未完成水污染治理目标任务的城区和阳高县评为年度优秀县区。
地下水污染防治严重滞后。法律第39条至第43条明确规定要采取多种措施防治地下水污染。检查发现，地下水污染防治措施不够有力，地下水环境监测差距明显。跨部门监测与国家地下水监测工程融合度不高，地下水环境监测井位覆盖不够，监测站点设置及监测要素难以满足环境监测需求，地下水风险源筛查技术滞后，跨区域、跨要素的地下水环境监测网之间缺乏协同与优化。
（四）饮用水安全保障有待加强。
城市集中式饮用水水源存在风险隐患。法律第69条规定，县级以上地方人民政府应当组织环境保护等部门，对饮用水水源保护区环境状况和污染风险进行调查评估，筛查可能存在的污染风险因素，并采取相应的风险防范措施。检查发现，上海市青草沙水库毗邻长江航道，水上危险化学品运输、船舶溢油事故、非法倾倒垃圾污水等对水源安全构成潜在风险。天津市于桥水库水源保护区内农业面源污染问题突出，部分入库沟渠水质不达标。青海省西宁市第四水源地一级保护区内农村污水垃圾未集中处置。
农村饮用水水源保护存在短板。法律第70条规定，县级以上地方人民政府应当合理安排、布局农村饮用水水源。检查发现，甘肃省金昌市已划分保护区的20个乡镇级饮用水水源地只有3个完成规范化建设。湖南省汨罗市东风水库和宁乡市双狮岭水厂水源未划定饮用水水源保护区，饮用水水源地存在风险隐患。
城市供水水质监测和信息公开制度落实不力。法律第72条规定，县级以上地方人民政府应当组织有关部门监测、评估本行政区域内饮用水水源、供水单位供水和用户水龙头出水的水质等饮用水安全状况，应当至少每季度向社会公开一次饮用水安全状况信息。检查发现，城市二次供水设施卫生规范尚未出台，一些城市二次供水管理部门和单位权责不清，供水设备日常管理不到位，城镇住宅小区二次供水水质安全存在隐患。一些城市水质公开的项目、频次、详细程度、覆盖面和及时性不足，难以满足公众对饮水安全的知情权。