农药、化肥导致土壤污染的主要原因是不合格的农药、化肥。生产、销售不合格农药、化肥的单位虽不是直接污染土壤的行为人，但其生产、销售行为与使用不合格农药、化肥的行为共同造成了土壤污染。因此，《办法》第三条将责任人认定延伸到农药、化肥使用者以外的生产者、销售者。
4.关于个体农户的责任
《办法》第三条未将因使用农药、化肥等农业投入品造成农用地土壤污染的个体农户纳入责任人认定范畴。
主要考虑是个体农户使用农药、化肥等农业投入品造成农用地土壤污染的，不属于当前的突出问题；且多数情况下，由个体农户承担农用地土壤污染风险管控或修复责任，不具有经济技术可行性。但个体农户因其他行为（如在农用地堆放危险废物等）造成土壤污染的，应当纳入责任人认定范畴。
（三）关于启动认定的情形和条件
农用地土壤污染状况调查，土壤污染风险评估，农用地分类管理，主要由政府部门主导，也就是说农用地土壤污染状况及其风险，主要由政府部门掌握。因此，依职权启动是现阶段工作的重点。
考虑到我国安全利用类或严格管控类农用地正在划定之中，涉及面较广，责任人认定宜在实践中逐步探索和推进。因此，《办法》第十条提出，县级以上地方人民政府农业农村、林草主管部门会同相关部门制定年度工作计划，根据实际情况，按计划逐步推动农用地的责任人认定工作。
《办法》第十条规定满足三方面条件才启动责任人认定：一是土壤污染责任人不明确或存在争议的。如农用地周边存在多个污染源的情况下，可能出现上述情况。二是需要开展风险管控或修复的。按照农用地分类管理的有关规定，对于划分为优先保护类农用地的，无需采取后续风险管控和修复，不存在责任人认定的问题。划分为安全利用类或严格管控类的农用地地块，才有认定责任人的必要。三是有以下情形之一的：（1）周边有明显污染源排放的；（2）倾倒、堆存、填埋有毒有害物质或固体废物的；（3）投加不合格农药、化肥等农业投入品的。本着突出重点及可行性原则，对其他无明显污染来源的情形，不予考虑启动认定。
此外，在发生农用地土壤污染的情况下，为切实保障农民等方面的权益，《办法》第十条规定，农村集体经济组织及其成员、农民专业合作社及其他农业生产经营主体投诉举报农用地土壤污染，经查证符合启动情形的，应当及时开展土壤污染责任人认定。
（四）关于土壤污染责任人认定的组织安排
土壤污染责任人认定涉及历史污染调查、污染因果关系判定等，情况复杂、专业性强，需要规范认定程序，并组织专业力量辅助行政机关进行认定工作。
1.开展调查
参考《生产安全事故报告和调查处理条例》关于组织调查组进行安全事故调查以及负责事故调查的人民政府对事故调查报告做出批复的规定和经验，《办法》第十一条规定了两种调查方式：组成调查组调查、指定或委托技术机构开展调查，农业农村、林草和生态环境、自然资源主管部门应将相关资料提供给调查组或者调查机构。调查组或者调查机构的主要职责是：调查污染行为，判断污染行为与农用地土壤污染之间的因果关系，提出土壤污染责任人，提交调查报告等。
2.审查调查报告
《办法》第十九条规定，农业农村、林草主管部门会同生态环境、自然资源主管部门成立土壤污染责任人认定委员会，认定委员会由行政机关专职人员和有关专家组成。认定委员会对调查报告进行审查；审查通过的，认定委员会将调查报告及审查意见报送主管部门。
主要考虑是：行政主管部门对调查报告及其证据材料应当进行全面综合审查，以确保据此形成的认定意见是科学的、合法合规的。成立认定委员会，有利培养稳定的认定队伍，提高认定工作的水平。
3.批复调查报告
《办法》第二十二条规定，农业农村、林草主管部门应当在收到调查报告及审查意见后，会同生态环境、自然资源主管部门对责任人调查报告进行批复。
（五）关于因果关系判定规则
《办法》第十五条规定了因果关系判定的规则，即符合下列条件的，可以判定污染行为与土壤污染之间存在因果关系：一是在农用地土壤中检测出特征污染物，且含量超出国家、地方、行业标准限制，或者超出对照区含量；二是土壤污染责任人的存在会向农用地土壤排放或者添加该污染物；三是受污染农用地土壤可以排除其他相同或相似污染源的影响；四是受污染农用地土壤可以排除非正常因素的影响，如高背景值、气候变化、病虫害、自然灾害等。
土壤污染防治法规定：“本法所称土壤污染，是指因人为因素导致某种物质进入陆地表层土壤，引起土壤化学、物理、生物等方面特性的改变，影响土壤功能和有效利用，危害公众健康或者破坏生态环境的现象。”因此，土壤高背景值、气候变化、病虫害、自然灾害等非人为因素导致的土壤超标或农产品超标问题，不属于土壤污染责任人认定范畴。
（六）关于责任份额的分担
涉及多个土壤污染责任人的，《办法》第七条鼓励多个当事人之间按照各自对土壤的污染程度划分责任份额，达成责任承担协议。无法协商达成一致的，原则上平均分担责任。
上述规定参考了有关发达国家的经验。如英国《环境保护法1990：第ⅡA章污染土地法律指南》规定：在存在多个责任人时，根据责任方对相关污染负有责任程度的高低划分责任；如果缺乏依据划分责任，那么责任应该平分。
（七）关于责任人认定的费用
依据土壤污染防治法第七十条关于“各级人民政府应当......安排必要的资金用于下列事项……（二）各级人民政府及其有关部门组织实施的……土壤污染责任人认定……等活动”的规定，《办法》第三十一条规定，开展土壤污染责任人认定的相关主管部门应当向同级人民政府申请资金用于责任人认定。因此，认定工作不会加重企业负担。
（八）关于减少责任人认定纠纷的制度设计
《办法》鼓励当事人之间达成责任承担协议，鼓励和支持相关当事人自愿实施土壤污染风险管控和修复，保证当事人的陈述申辩权等，通过制度设计，尽可能减少产生责任人认定纠纷的风险。
（九）关于防范廉政风险
《办法》设计了查定分离、报告审查、陈述申辩以及纪律规定等制度，尽量降低廉政风险。
（十）关于生效时间
《办法》规定自2020年7月1日起施行，为地方留有一定准备时间。