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法律第49条规定，县级以上地方人民政府应当通过财政预算和其他渠道筹集资金，统筹安排建设城镇污水集中处理设施及配套管网，提高本行政区域城镇污水的收集率和处理率。
检查发现，城镇环境基础设施建设特别是污水处理配套管网建设欠账多、维护不力，资金缺口大。检查中四川省反映，省内各级财政对生活污水垃圾处理设施的建设投入难以满足实际需求，资金缺口约700亿元。
城镇污水处理规划建设管理水平滞后，城镇污水收集率和处理率有差距。第三方评估报告指出，污水收集管网不完善、管网破损、管网混接错接三大问题是我国城市河湖黑臭的主要原因。现行的污水处理率不能真实反映城镇生活污水主要污染物的收集处理效能。城市污水管网规划不科学、工程建设滞后、维护管理不到位，一些城镇污水处理厂“大马拉小车”，进水浓度普遍较低，部分污水处理能力闲置浪费。吉林省一些城市污水配套管网建设严重滞后，部分市县污水收集率不足50%，四平市、辽源市雨污分流比例不足40%。
污泥处置措施不到位，污泥资源化利用困难。法律第51条规定，城镇污水集中处理设施的运营单位或者污泥处理处置单位应当安全处理处置污泥，保证处理处置后的污泥符合国家标准，并对污泥的去向等进行记录。2018年陕西省西安市主城区污泥总产量为55万吨，处置量为44万吨，还有11万吨污泥长期堆积。
（六）农业和农村水污染防治滞后，农业农村面源和点源污染防治缺乏科学合理的措施和手段。
农村生活污水垃圾处理设施建设滞后。法律第52条规定，地方各级人民政府应当统筹规划建设农村污水、垃圾处理设施，并保障其正常运行。检查中大部分省（区、市）执法检查报告均指出农村生活污水垃圾集中处理设施欠账多、资金筹措难、运行维护不规范等问题突出。
畜禽养殖污染防治问题突出。法律第56条规定，畜禽养殖场、养殖小区应当保证其畜禽粪便、废水的综合利用或者无害化处理设施正常运转，保证污水达标排放，防止污染水环境。检查发现，一些地方畜禽养殖场未配套建设粪污处理和资源化利用设施，畜禽养殖污染问题突出。河北省唐山市金跃养殖场废水未经处理直接排放周边水体造成严重污染。
化肥和农药使用量居高不下。法律第55条规定，县级以上地方人民政府农业主管部门和其他有关部门，应当采取措施，指导农业生产者科学、合理地施用化肥和农药，推广测土配方施肥技术和高效低毒低残留农药，控制化肥和农药的过量使用，防止造成水污染。一些地方畜牧业、种植业发展规划与畜禽养殖污染防治规划不衔接，相关财政补贴、税收优惠政策配套衔接不够，有机肥还田渠道不畅。第三方评估报告指出，我国化肥使用量和流失量明显高于发达国家，农药和抗生素滥用问题必须予以重视。
（七）工业污染治理差距较大，工业污染尚未得到根本控制。
结构性污染问题突出。法律第44条要求国务院有关部门和县级以上地方人民政府应当合理规划工业布局。第46、47条规定对严重污染水环境的落后工艺和设备实行淘汰制度，禁止不符合国家产业政策的生产项目。第三方评估报告指出，我国工业污染排放总量高，经济发展相对落后地区以及精细化工等分散性行业超标排放比较普遍。一些地方被生态环境部通报多家企业涉水污染物严重超标排放。
工业企业违法排污问题严重，企业恶意违法排污问题屡禁不绝。法律第45条第1款规定，排放工业废水的企业应当采取有效措施，收集和处理产生的全部废水，防止污染环境。含有毒有害水污染物的工业废水应当分类收集和处理，不得稀释排放。检查发现，广东虎门电镀印染专业基地部分企业利用雨水管偷排有毒有害工业废水，形成面积达13公顷的污水渗坑，排放重金属废水超标数十倍，涉嫌严重污染环境犯罪。福建省西部水务有限公司接受例行检查时存在水样掉包、数据造假等恶劣违法行为。河南省新乡市新科冰箱配件厂污水处理设施未正常运行，电镀废水未经处理直接排放。浙江省绍兴市佳英感光材料科技有限公司用消防用水稀释工业废水后直接外排。贵州省贵阳市娃哈哈昌盛饮料有限公司将部分未经处理的生活污水直排入厂区外的无名河道沟渠。
工业集聚区污水处理设施建设和运行问题突出。法律第45条第2款、第3款规定，工业集聚区应当配套建设相应的污水集中处理设施；向污水集中处理设施排放工业废水的，应当按照国家有关规定进行预处理，达到集中处理设施处理工艺要求后方可排放。检查发现，内蒙古自治区级及以上工业园区需建设污水处理厂79个，目前仅建成66个。江西省抚州市金溪县工业园区排污企业预处理不到位，污水处理厂日均进水化学需氧量指标超过设计进水浓度近10倍，出水水质超标。
（八）船舶水污染防治工作有待提升。
船舶水污染物偷排超排现象较为普遍。法律第59条对船舶排放污染物作出多项禁止性规定。检查发现，船舶污水处理设施实际运行率较低，400吨位以下船舶生活污水排放控制缺乏标准，监管还处于空白。2018年仅长江中上游就被通报存在211起未配置相应防污设备、117起违法排污案件。江苏省常熟市华润电厂码头停靠船舶“纳海号”黑色含油污水从甲板排口直排入江。
港口码头接收转运处置能力不足。法律第61条要求港口、码头、装卸站和船舶修造厂所在地市、县级人民政府应当统筹规划建设船舶污染物、废弃物的接收、转运及处理处置设施。检查发现，一些地方内河船舶水污染物处置能力不足，港口接收设施与城市公共转运处置设施不衔接。安徽全省未建成危化品洗舱站。
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